很多人在选择和使用生物安全柜时，总是会直接用经验判断如何操作，但其实这样会忽略非直接关联的问题，不仅影响实验质量，甚者还会造成安全隐患。以下就是比较常见的几大误区：
误区一：洁净工作台代替生物安全柜
很多操作人员认为这两种设备外形相同，作用大同小异，并认为他们操作的样本都是普通的样本，不具有高致病性。其实，生物安全柜和洁净工作台具有本质的差别。
洁净工作台将通过过滤器的净化空气向下吹过工作区，用来保护样品，由于工作区是正压区，气流通过操作窗口外溢，只保护样品，而对操作人员和环境不提供保护，如操作含有任何已知或潜在致病气溶胶，都会给操作人员带来极大隐患。
误区二：生物安全柜安装问题
现有实验室购置安全柜，一般在房间腾出一小块空地安放，这样会存在问题很多，安装位置不当，会造成污染。
生物安全柜两侧、后侧应留30 cm，顶部留出足够 30～34 cm的空间；为减少气流扰动，保证安全柜正常工作，生物安全柜应放置在远离实验室入口、门窗、暖气、走道，避开送风口，避免外界气流对柜内气流造成扰动，如果没有足够的补充送风，生物安全柜所在房间成为高负压状态，生物安全柜无法正常工作。
很多实验室购置Ⅱ级A2生物安全柜后，认为排风管道接到室外比排到室内安全。其实，生物安全柜排风出口带有过滤器，所排出的气体被证明是安全的，对室内环境没有影响；另外，将室内舒适工作环境的洁净空气排到室外会大大增加运行成本。
