1、柱压过高
可能是微粒堵塞． 柱床膨胀，不可逆吸附， 细菌生长等造成的。也有可能是系统反压问题， 例如阻尼器堵塞，进样器堵塞， 管路或连接口堵塞． 在线过滤器不干净， 压力传感器不准确等。
2、柱效低
可能是色谱柱被污染、 过滤片部分堵塞、色谱柱内的死体积造成，例如流动相p H值或者组成不合适造成固定相损失。 流动相急剧变化造成固定相物理损坏， 机械振动造成固定相产生裂缝，柱床收缩或干枯。也有可能是仪器连接的问题， 认真检查进样器、检测器、 管路、 保护柱和在线过滤器等是否连接好，也可能是色谱柱没有平衡好， 进样量过大等问题。
3、重复性差、不出峰、回收率低
可能是色谱柱被污染， 流动相 p H值或者组成不合适造成固定相损失 ， 样 品溶剂 不同或样品本身不稳定， 固定 相极性过强或者流动相极性过弱． 或者发生非特异性吸附。也可能梯度实验时平衡时间不足，温度波动， 流动相组成改变， 样品溶剂不同， 样品稳定性不好，方法的开发不好， 缓冲液的酸碱度不合适或者缓冲能力不足。
